A diferença entre ciberliteratura e livros electrónicos assenta na génese respectiva: enquanto os e-livros (ou livros electrónicos) são essencialmente produto da migração de obras existentes no suporte atómico que - mutatis mutandis - passam também a ser lidas no suporte digital, a ciberliteratura é um género novo, construído sobre uma matriz digital, hipertextual e, eventualmente, hipermediática.
O prefixo que a literatura ganhou com o advento dos sistemas interactivos de comunicação é uma prótese que modifica a sua substância, dado que as estratégias milenares da narrativa foram subvertidas com o advento do hipertexto. A composição caleidoscópica de um dado número de textos entretecidos em ordens múltiplas de leitura(s) é uma forma nova de tecer teias complexas de estórias dentro de uma história, cujo potencial macrocósmico pode ser infinito.
Organizar redes múltiplas de estórias consistentes, susceptíveis de serem acedidas de perspectivas diferenciadas, que são função do livre arbítrio do leitor, é uma forma nova de escrever, que poderá ser potenciada se o escritor já tiver adquirido competências polivalentes ao nível multimediático, nos domínios da imagem e do som. Se essa condição se verificar, estaremos em presença das acima mencionadas matrizes hipermediáticas, que extrapolam e se afastam ainda mais dos paradigmas conhecidos da literatura para gerar um género radicalmente novo.